Сюжет заключительной части этой фантастической трилогии захватывает войну двух миров. Основные события относятся к реальному миру, но развязка происходит как раз в виртуальном. Причем, в войне машин участвуют все герои. Нео остается в стороне, наблюдая за битвой. Это не значит, что он не будет принимать в ней участие. Еще как будет. Впереди его ждет финальная решающая битва со Смитом. Она раскроет другой мир матрицы...